Sau khi ông qua đời, phó tướng của ông là Cảnh Thư (耿舒), người đã từ lâu không đồng ý với chiến lược của Mã Viện, cùng với phò mã của vua Hán Quang Vũ Đế là Lương Tùng (梁松), người trước đó có hằn thù với Mã Viện, đã ngụy tạo ra nhiều chứng cứ để chống lại Mã Viện. Phần lớn các chứng cứ này ngày nay chúng ta không rõ là gì; chỉ còn hai cáo buộc cụ thể được biết.

Trong cáo buộc thứ nhất, Mã Viện được cho là người chịu trách nhiệm về bệnh truyền nhiễm, khi ông ra lệnh hành quân chống lại các bộ lạc Ô Hoàn.

Trong cáo buộc thứ hai, ông được cho là đã biển thủ ngọc trai và sừng tê giác trong các chiến dịch quân sự. Cáo buộc này có thể là sự hiểu sai về một trong các món ăn ưa thích của Mã Viện (món ông cho rằng có khả năng chống lại bệnh truyền nhiễm) là hạt ý dĩ (một loại cây thân thảo, có quả với nhân màu trắng, được trồng trọt tại miền nam Trung Quốc và miền bắc Việt Nam), thứ ông đã cho chở với số lượng lớn về kinh đô Lạc Dương.

Hán Quang Vũ Đế đã tin vào các cáo buộc này và đã tước đi thái ấp cũng như tước hầu của Mã Viện. Tới năm Kiến Sơ thứ 3 (78), Hán Chương Đế mới truy tặng Viện tước Trung Thành hầu[1].